Род японских императоров никогда не прерывался. Официально именно они во все века правили на островах. Однако фактическая власть обычно принадлежала другим: регентам - сэссё 摂政, канцлерам - кампаку 関白, премьер-министрам - сюсё 首相. В течение нескольких столетий фактическими главами государства были военные правители - сёгуны 将軍.

«Сёгун» 将軍 - это сокращение от полного титула «сэйи тайсёгун» (征夷大将軍), что означает «Великий воевода карающий варваров». В древней Японии так называлась одна из временных военных должностей главнокомандующего армией государства (тайсёгуна 照群). Сэйи тайсёгуном назначались некоторые полководцы, направленные императором для сражения с варварами-эмиси 夷 - племенами нынешних айнов, в те времена заселявших северо-восток страны. Первым, кто получил это звание, был Отомо Отомаро 大伴弟麿, которому 50-ый император Японии Камму 桓武天皇 приказал идти в поход на айнов в 794 году. После окончательного покорения варваров на главном острове Хонсю 本州 прежнее значение титула себя исчерпало. Страна погрузилась в пучину гражданской войны между самурайскими  родами Тайра 平氏 и Минамото 源氏.

В 1184 году Кисо (Минамото) Ёсинака 木曾義仲 во главе большой армии захватил тогдашнюю столицу Японии – Хэйан-кё 平安京 (ныне Киото 京都市). Остатки войска рода Тайра бежали на юг. Амбициозный Ёсинака решил окончательно разделаться с противником и заодно укрепить свой юридический статус. Для этого он добился, чтобы император присвоил ему звание сэйи тайсёгун 征夷大将軍, так как теперь варварами считались Тайра - «враги государства». Ёсинака расчитывал получить исключительное право на руководство преданными верховной власти войсками. Однако двоюродный брат Ёсинаки, коварный Минамото-но Ёритомо 源頼朝, собрал собственную армию и уничтожил своего кузена, а затем и род Тайра. Заполнив Японию своими шпионами и окончательно сокрушив оставшихся айнов, Ёритомо добился, наконец, полной власти над страной. Впрочем, все эти подвиги не принесли ему никакого официального статуса. Вспомнив идею своего кузена, Ёритомо в 1192 году добился от императора того же назначения, использовав в качестве предлога свой поход против варваров. Вокруг своего титула он создал целую государственную машину, параллельную дворцовой и реально управлявшую страной. Правительство Ёритомо получило название «бакуфу» 幕府 или «палаточная ставка». Первоначально этот термин обозначал полевой лагерь, из которого тайсёгуны древности командовали своими войсками. Европейским синонимом слова бакуфу стало слово сёгунат.

Со временем титул сэйи тайсёгун 征夷大将軍 стал сокращаться до сёгун 将軍, что означает - полководец. Поскольку Ёритомо установил его наследственную передачу, титул сёгун стали считать исключительной привилегией рода Минамото 源氏 (фамилии Асикага 足利 и Токугава 徳川 также происходили из него). Исключение было сделано только для представителей знатнейшего рода Фудзивара 藤原 и принцев (синно 親王) - особ императорской крови. Именно поэтому Ода Нобунага 織田信長 и Тоётоми Хидэёси 豊臣秀吉, фактически бывшие сёгунами, официально этим титулом пожалованы не были. Автоматически титул не переходил никогда. Каждый раз устраивалась пышная церемония, во время которой император жаловал сёгуну церемониальный меч сэтто 節刀 - символ военной власти. Слово сэтто состоит из двух иероглифов: сэцу 節 («время, временный») и то 刀 («меч»). Слово сэцу в данном случае означает «удостоверение», «подтверждение». Таким образом, сэтто — это «меч-удостоверение», то есть меч, выдаваемый в качестве свидетельства о том, что его обладатель уполномочен императором набирать людей и лошадей для своего войска, а также получать от местных властей все необходимое для своей армии. Кроме того, обладатель меча получал право распоряжаться жизнью как врагов, так и своих подчиненных.

Как и императоры, военные правители часто теряли фактическую власть над страной. Так, почти все время сёгуната Камакура 鎌倉 в реальности страной правили представители рода Ходзё 北条, носившие звание «сиккэн» 執権 - правитель. Именно им пришла в голову мысль после уничтожения основной линии семьи Минамото 源氏 использовать в качестве сёгунов-пешек малолетних принцев и мальчиков из рода Фудзивара 藤原氏. Наибольшего расцвета бакуфу достиг при сёгунах Токугава 徳川, когда роль императорского двора в управлении страной свелась к нулю. Дошло даже до того, что иностранные послы и миссионеры считали сёгунов императорами.

Система военного правления была полностью ликвидирована в ходе Реставрации Мэйдзи 明治維新 (Мэйдзи Исин) 1869 года. Последний сёгун, Токугава Ёсинобу 徳川慶喜, добровольно (хотя и под давлением обстоятельств) передал всю полноту своей власти молодому императору Муцухито (Мэйдзи).

Из соображений удобства в этой таблице сёгуны расположены в порядке, обратном хронологическому.